Badania naukowe prowadzone w Wyższej Szkole Logistyki mają dwa aspekty: poznawczy i dydaktyczny. Pierwszy z nich wiąże się z poszerzaniem wiedzy i dostarczaniem praktyce gospodarczej nowych narzędzi i rozwiązań techniczno – organizacyjnych w dziedzinie szeroko rozumianej logistyki. Drugi natomiast dotyczy rozwoju naukowego zaplecza realizowanych procesów dydaktycznych i jest szczególnie ważny w tak młodej dziedzinie wiedzy jaką jest logistyka. Prace badawcze prowadzone są w sześciu katedrach:

- Katedra Podstaw Logistyki
- Katedra Informacji Logistycznej i Informatyki
- Katedra Systemów Logistycznych
- Katedra Nauk Ilościowych i Przestrzennych
- Katedra Zarządzania Sieciami Logistycznymi
- Katedra Nauk Ekonomicznych i Zarządzania